Ústav experimentálnej fyziky SAV v Košiciach sa spolupodieľa ako externá vzdelávacia inštitúcia v zmysle ustanovení zákona č. 131/2002 Z.z. v platnom znení a Kritérií akreditácie nevysokoškolských inštitúcií, schválených rozhodnutím ministra školstva 1. apríla 2003, na uskutočňovaní nasledujúcich študijných programov tretieho stupňa, ktoré sa realizujú v spolupráci s Prírodovedeckou fakultou Univerzity P. J. Šafárika v Košiciach (Rámcová dohoda o spolupráci v oblasti doktorandského štúdia zo dňa 20.4.2004 -> .doc, .pdf) a Fakultou materiálov, metalurgie a recyklácie Technickej univerzity v Košiciach a Fakultou elektrotechniky a informatiky Technickej univerzity v Košiciach (Rámcová dohoda o spolupráci s externou vzdelávacou inštitúciou pri realizácii doktorandského štúdia zo dňa 12.6.2009 -> (.pdf) a (.pdf)