Projektová činnosť

Medzinárodné

NEPTUNE – Nové inhibítory amyloidnej agregácie na báze peptidov pre potenciálnu liečbu neurodegeneratívnych ochorení
Novel peptide‐based aggregation inhibitors as potential therapeutics for neurodegenerative diseases
Program: Bilaterálne – iné
Zodpovedný riešiteľ: RNDr. Bednáriková Zuzana, PhD.
Anotácia: Neurodegeneratívne ochorenia, ako je Alzheimerova choroba (AD) a Parkinsonova choroba (PD), sú spojené s amyloidnou agregáciou proteínov a následnou stratou neurónov. Súčasná liečba je iba symptomatická a má obmedzenú účinnosť, čo podčiarkuje naliehavú potrebu hľadania inovatívnych stratégií liečby týchto ochorení. Tento projekt je zameraný na využitie proteínov neskorej embryogenézy (LEAPs) získaných z rastlín schopných regenerácie, ako nových anti-agregačných látok pre kľúčové proteíny spojené s patogenézou AD a PD, amyloid β peptid a α-synukleín. Naše predbežné výsledky ukázali, že LEAPs inhibujú amyloidnú agregáciu in vitro, čo bolo potvrdené pokročilými spektroskopickými a zobrazovacími technikami. Cieľom predkladaného projektu bude rekombinantne pripraviť LEAPs, objasniť ich anti-agregačný potenciál voči Aβ40 peptidu a α-Syn a vyvinúť LEA-mimetické peptidy s vyšším terapeutickým potenciálom. Prostredníctvom in vitro metód, neurálnych bunkových modelov a in vivo modelov AD/PD-C. elegans, budeme hodnotiť ich anti-agregačnú účinnosť a cytotoxicitu. Konzorcium zložené z výskumných tímov zo Slovenska, Srbska a Českej republiky spája výpočtovú biológiu, biochémiu a neurobiológiu s cieľom pokročiť vo vývoji terapeutických prístupov pre neurodegeneratívne ochorenia.
Doba trvania: 1.7.2025 – 30.6.2027
CHINMULTIHIT – Identifikácia malých molekúl z tradičných čínskych bylín na multicieľovú terapiu neurodegenerat ívnych ochorení a objasnenie mechanizmu účinku
Discovery and Mechanism of Small Molecules from Traditional Chinese Herbs for Multitarget directed Therapy of Neurodegenerative Diseases
Program: Bilaterálne – iné
Zodpovedný riešiteľ: doc. RNDr. Gažová Zuzana, DrSc.
Anotácia: Neurodegeneratívne ochorenia spojené s nesprávnym zbaľovaním proteínov (NDD), ako sú Alzheimerova aParkinsonova choroba, vedú k rozsiahlym zmenám a postupnému odumieraniu neurálnych buniek v centrálnomnervovom systéme. Napriek odlišným symptómom, NDD zdieľajú niekoľko spoločných patogénnych mechanizmov.V súčasnosti neexistuje liek pre tieto ochorenia a komplexnosť ich patológie si vyžaduje inovatívne terapeutickériešenia. V tomto projekte bude použitá nová stratégia multi-cieľových ligandov (MTDL), ktorá sa zameriava navývoj nových zlúčenín modulujúcich viacero procesov spojených s NDD súčasne. Zameriame sa na čínske byliny –Angelica sinensis, Ligusticum chuanxiong, a Cinnamomum cassia. Cieľom projektu je preskúmať anti -agregačnýpotenciál týchto rastlinných extraktov a ich derivátov na Aβ peptid aj α -synukleín, pričom by mali vykazovať ajneuroprotektívne a protizápalové vlastnosti. Projekt kombinuje odborné znalosti a skúsenosti oboch výskumnýchtímov v oblasti. Nesprávneho zbaľovanie proteínov a patológie NDD, a umožní nám získať komplexné údajepomocou komplementárnych prístupov, čo bude viesť k návrhu možných terapeutických alternatív proti týmtoochoreniam. Táto výskumná spolupráca bude navyše vynikajúcou príležitosťou pre mladých členov oboch tímovnaučiť sa nové techniky v dobre vybavených laboratóriách vo Východočínskej univerzite a ÚEF SAV, a získať taknové skúsenosti s prácou v medzinárodnom vedeckom prostredí.
Doba trvania: 1.7.2024 – 30.6.2026
LEAPAB – Inhibícia agregácie A-beta peptidov proteínmi vyskytujúcimi sa počas neskorej embryogenézy: nový prístup liečby Alzheimerovej choroby
Inhibition of A-beta Peptides Aggregation by Late Embryogenesis Abundant Proteins: A New Approach for Alzheimer’s Disease Treatment
Program: Bilaterálne – iné
Zodpovedný riešiteľ: RNDr. Bednáriková Zuzana, PhD.
Anotácia: Alzheimerova choroba (ACH) je najbežnejšou neurodegeneratívnou poruchou, ktorá má nejasnú patofyziológiu. V súčasnosti trpí na ACH viac ako 55 miliónov ľudí, čo je spojené s vysokými finančnými nákladmi pre spoločnosť. Navyše, predpokladá sa, že do roku 2050 sa počet pacientov s ACH zvýši viac ako dvojnásobne. Patológia ACH je úzko spojená s tvorbou depozitov obsahujúcich amyloid β (Aβ) peptid usporiadaný do nerozpustných amyloidných fibríl. Napriek mnohým súčasným štúdiám, ktoré sú zamerané na identifikáciu inhibítorov agregácie Aβ peptidov, liek na ACH stále chýba. Cieľom predkladaného projektu je implementovať molekulárne mechanizmy, ktoré sa uplatňujú pri pozoruhodnom fenoméne niektorých rastlín, a to ich tolerancii voči vysychaniu s cieľom vyvinúť novú stratégiu voči Aβ agregácii. Pri vysúšaní rastlín dochádza k vysokej produkcii špecifických proteínov – proteíny neskorej embryogenézy (LEAPs), ktoré pomáhajú stabilizovať prirodzenú štruktúru proteínov a membrán pomocou mechanizmov, ktoré momentálne nevieme úplne vysvetliť. Primárnym cieľom projektu je preskúmať štruktúrne vlastnosti LEAPs izolovaných z Ramonda serbica, ich interakcie s Aβ peptidmi a ich vplyv na agregáciu Aβ peptidov. Po prvé, pripravíme rekombinantné LEAPs, ktoré budú veľmi efektívne inhibovať agregáciu Aβ peptidov. V ďalšom kroku budeme analyzovať sekundárnu štruktúru LEAPs za rôznych podmienok so zameraním na ich prechody z usporiadaného do neusporiadaného stavu. Následne budeme študovať Aβ antiagregačný potenciál LEAPs in vitro a identifikujeme interakcie Aβ/LEAP, čo umožní vyvinúť nové stratégie liečby ACH. Vedecké tímy zapojené do tohto projektu (slovenský z ÚEF SAV a srbský z IMGGE) majú dostatočné skúsenosti v oblasti produkcie proteínov, analýzy štruktúry proteínov a amyloidnej agregácie. Prenos odborných znalostí medzi partnerskými laboratóriami bude zabezpečený vzájomnou edukáciou doktorandov a postdoktorandov zapojených do tohto projektu.
Doba trvania: 1.4.2024 – 31.12.2025
Azobenzénové deriváty ako potenciálne terapeutiká pre Alzheimerovu chorobu
Azobenzenes as potential Alzheimer\’s theranostic agents
Program: Mobility
Zodpovedný riešiteľ: RNDr. Bednáriková Zuzana, PhD.
Doba trvania: 1.1.2023 – 31.12.2024
ANOMATY – Interakcie amyloidných fibríl a nanočastíc pre biomedicínske, biochemické a inžinierske aplikácie
Interactions of nanoparticles with amyloid fibrils: from therapy to nanomaterials
Program: Bilaterálne – iné
Zodpovedný riešiteľ: doc. RNDr. Gažová Zuzana, DrSc.
Anotácia: Napriek tomu, že tvorba amyloidných fibríl je spojená s patogenézou mnohých ľudských ochorení, amyloidné fibrilymajú potenciál byť využité aj na prípravu nových materiálov. Existuje veľké množstvo experimentálnych štúdiítýkajúcich sa interakcií nanočastíc (NPs) s amyloidmi s rôznym výsledkom, pričom niektoré NPs sa iba viažu naamyloidné fibrily, iné ich disociujú. Projekt, ktorý zahŕňa niekoľko najmodernejších komplementárnych výpočtovýcha experimentálnych metodík, má za cieľ využiť dvojakú povahu NPs v komplexe s amyloidnými fibrilami preaplikácie v nanomedicíne (terapia amyloidóz) a chemickom inžinierstve (hybridné nanomateriály pre vylepšeniekatalytickej aktivity NPs). Na štúdium použijeme Au-, Ag- a Pd- nanočastice s rôznymi fyzikálno-chemickýmivlastnosťami a amyloidné fibrily vytvorené z lyzozýmu, inz ulínu a α-laktalbumínu. Ďalším cieľom je systematickéštúdium sklonu globulárnych proteínov k tvorbe amyloidných fibríl s kontrolovanými vlastnosťami. Údaje oštrukturálnych a fyzikálno-chemických vlastnostiach fibríl môžu navyše vyplniť prázdne miesta vo veľkej skladačkebiológie akou je patogenéza amyloidóz.
Doba trvania: 1.1.2022 – 31.12.2023
Stabilita a agregácia globulárnych proteínov v prítomnosti biokompatibilných iónových kvapalín
Stability and aggregation of globular proteins in the presence of biocompatible ionic liquids
Program: Mobility
Zodpovedný riešiteľ: RNDr. Fedunová Diana, PhD.
Doba trvania: 1.1.2021 – 31.12.2022

Národné

Identifikácia štruktúrnych motívov malých molekúl schopných inhibovať amyloidnú agregáciu amyloidogénnych proteínov s rozdielnou konformáciou
Identification of small molecule motifs effective to inhibit amyloid aggregation of conformationally diverse amyloidogenic proteins
Program: VEGA
Zodpovedný riešiteľ: doc. RNDr. Gažová Zuzana, DrSc.
Anotácia: Pre amyloidné ochorenia, ako sú systémová lyzozýmová amyloidóza, Alzheimerova choroba a diabetes melitus, je charakteristická amyloidná agregácia proteínov s odlišnými konformáciami. Projekt je zameraný na identifikáciu anti-amyloidných malých molekúl, ktoré sú schopné redukovať množstvo amyloidných agregátovpoly/peptidov s rôznou natívnou konformáciou. Zameriame sa na globulárne proteíny (ľudský lyzozým a inzulín), ako aj prirodzene neusporiadané proteíny (IDP) (Aß peptidy a tau). Cieľom projektu je sledovanie anti-amyloidného potenciálu malých molekúl, posúdenie ich cytotoxicity a objasnenie vzťahu medzi štruktúrnymi motívmi efektívnych malých molekúl a ich anti-amyloidným účinkom. Pozornosť bude venovaná malým molekulám s kľúčovými štruktúrnymi motívmi identifikovanými v našich predchádzajúcich štúdiách (konjugované aromatické kruhy, katecholová skupina, planarita a karboxylové funkčné skupiny) a ich hybridným komplexom. Projekt tak môže otvoriť cestu k vývoju nových terapeutík amyloidných ochorení.
Doba trvania: 1.1.2025 – 31.12.2028
Objasnenie počiatočných štádií amyloidnej agregácie proteínov – od mechanizmu k terapii
Unraveling the early events of protein amyloid aggregation – from mechanism to therapy
Program: VEGA
Zodpovedný riešiteľ: doc. RNDr. Gažová Zuzana, DrSc.
Anotácia: Štruktúrne zmeny poly/peptidov podmieňujúce tvorbu amyloidných agregátov sú spojené s doteraznevyliečiteľnými ochoreniami, ako napr. Alzheimerova choroba alebo diabetes typu II. Všeobecné mechanizmytvorby amyloidných fibríl a ich charakterizácia sú pomerne dobre známe, avšak počiatočné štádiá fibrilizáciepoly/peptidov ostávajú stále neobjasnené. Projekt je zameraný na pochopenie mechanizmov, ktoré vedú ktvorbe pre-fibrilárnych (čiastočne ro/zbalených intermediátov, nukleačných jadier, oligomérov) a fibrilárnychamyloidných agregátov vybraných globulárnych a prirodzene rozbalených proteínov. Zameriame sa na štúdiumkinetiky tvorby pre-fibrilárnych štruktúr, ich morfológie a cytotoxicity za rôznych experimentálnych podmienok a vprítomnosti vybraných interakčných partnerov (malé molekuly, nanočastice). Získané výsledky prispejú klepšiemu pochopeniu počiatočných mechanizmov tvorby amyloidnej agregácie a identifikácii inhibítorov sterapeutickým potenciálom pre amyloidné ochorenia.
Doba trvania: 1.1.2021 – 31.12.2024
MULTIHIT – Multifunkčné inhibítory poly/peptidov spojených s Alzheimerovou chorobou
Multi-target inhibitors of poly/peptides associated with Alzheimer´s disease
Program: APVV
Zodpovedný riešiteľ: doc. RNDr. Gažová Zuzana, DrSc.
Doba trvania: 1.7.2019 – 1.6.2023
Štúdium pôsobenia hybridných molekúl na amyloidnú agregáciu globulárnych a prirodzene rozbalených proteínov
Program: DoktoGrant
Zodpovedný riešiteľ: RNDr. Borovská Barbora
Doba trvania: 1.1.2022 – 31.12.2022